Devido à chegada dos alienígenas chamados "Amanto", os samurais do Japão feudal caíram na miséria e no desespero. Privados de suas espadas e posição, agora são tratados como objeto de pena e total desconsideração, enquanto os Amanto aterrorizam impiedosamente o país. Para restaurar a reputação dos samurais, o líder da Facção Anti-Estrangeiros, Kotarou Katsura, resolve erradicar os Amanto, mesmo que tenha que recorrer a métodos violentos. Com um mecha gigante à sua disposição, ele planeja iniciar um ataque contra o Shinsengumi, um exército de habilidosos samurais dedicados a proteger a paz de Edo. Enquanto isso, Gintoki Sakata, dono da Yorozuya, e seus amigos estão saindo para ver as cerejeiras em flor. No entanto, são interrompidos quando o Shinsengumi aparece, alegando que Gintoki roubou o lugar deles para ver as flores. Rapidamente entrando em uma briga frenética, os dois grupos resolvem a disputa através de um jogo de pedra-papel-tesoura — embora com métodos bastante brutais.