O ano é 2045, e a inteligência artificial passou por desenvolvimentos enormes. Os governos as usam como armas, engajando-se em guerras sem fim para sustentar suas economias. O grupo mercenário GHOST, liderado pela Major Motoko Kusanagi, não é estranho a este cenário. No entanto, a rápida inovação desta tecnologia causa o surgimento de uma nova ameaça no horizonte. Tendo deixado a Seção 9 de Segurança Pública, Kusanagi e seu grupo estão envolvidos em muitas operações em todo o mundo relacionadas a estas guerras por procuração. Mas um trabalho aparentemente simples de localizar um traficante de armas arrasta o GHOST para um conflito oculto contra indivíduos aprimorados ciberneticamente, que inexplicavelmente ganharam inteligência extrema e habilidades físicas. Apelidados de "pós-humanos", o surgimento deles desencadeia uma cadeia de eventos que leva à reunião da Seção 9. Armados com uma nova missão, cabe a Kusanagi e sua equipe restabelecida impedir o caos global nas mãos desses pós-humanos.