Tecnologia, ciência e indústria—esta é a Tóquio de 1969, e não há melhor época para se viver! Mas uma sombra paira silenciosamente em cada esquina: "Invaders" se infiltraram na população, e ninguém sabe quem ou o que eles são. Apenas os membros da agência ultrassecreta AEGIS sabem de sua existência. Lutar secretamente contra o inimigo é o trabalho deles, mas apenas aqueles com a habilidade de abrir "Portais" para outro mundo podem realmente derrotá-los. Dentro da AEGIS há uma força-tarefa especializada conhecida como "Gate Keepers". Composta por indivíduos extraordinários com uma variedade de habilidades relacionadas aos Portais, eles são os únicos que podem salvar a humanidade dos viciosos Invaders que assolam o planeta. Shun Ukiya é um estudante comum do ensino médio que vive com sua mãe viúva e sua irmã mais nova. Um dia, a caminho de casa da escola, ele se depara com um grupo de Invaders se dirigindo para sua casa. Em uma situação desesperadora para salvar sua família, Shun descobre que possui a habilidade de abrir um Portal, permitindo-lhe aproveitar enormes quantidades de energia. Com sua nova habilidade exposta, ele chama a atenção da AEGIS, e particularmente o interesse de uma de suas Gate Keepers, a amiga de infância de Shun, Ruriko Ikusawa.