Manabi Straight! acompanha a vida de um grupo de jovens estudantes do ensino médio no ano de 2035, enquanto elas frequentam a Seioh Private High School, uma escola exclusiva para garotas. Devido à queda drástica na taxa de natalidade, escolas estão sendo fechadas pela simples falta de alunos. A moral nas escolas caiu drasticamente, e Seioh não é exceção. A história começa quando a personagem principal, Manami Amamiya, é transferida para Seioh. Após algumas peripécias iniciais envolvendo uma scooter futurista e uma competição de natação, seguidas por uma inspiradora apresentação de canção escolar, ela é empossada como presidente do conselho estudantil. A história que se segue aborda Manami trabalhando com Mika Inamori, a única outra membro do conselho estudantil, e três outras colegas de classe chamadas Mutsuki Uehara, Mei Etoh e Momoha Odori, em assuntos do conselho estudantil. Após algumas reformas na sala do conselho estudantil, Manami e suas amigas se preparam para planejar o próximo festival estudantil.