Após superarem vários eventos turbulentos, o sargento mercenário Sousuke Sagara, da Mithril, e a estudante "Whispered", Kaname Chidori, retornam às suas vidas normais no ensino médio. Sousuke continua seus esforços para se assimilar à população civil e gerenciar sua missão ao mesmo tempo, enquanto Kaname tenta apoiar seus empreendimentos (mesmo que suas excentricidades frequentemente a irritem profundamente). No entanto, à medida que suas vidas se acalmam, novos problemas começam a surgir. O aparecimento de uma organização terrorista independente conhecida como Amalgam e conflitos internos dentro da Mithril ameaçam transformar a unidade em uma série de fracassos e traições. E novos e poderosos modelos de Arm Slaves apenas pioram a situação quando a paz mundial está em jogo. Enquanto Kaname e Sousuke enfrentam suas próprias batalhas internas em meio a lutas que ameaçam suas vidas, eles conseguirão fazer as escolhas certas e mudar seu futuro?