O mundo vive em paz desde o estabelecimento do sistema Fractale. Sustentadas pelos terminais Fractale implantados em seus corpos, as pessoas vivem em isolamento, livres para focar em seus próprios interesses. Clain Necran passa seus dias coletando relíquias tecnológicas da época anterior à introdução do Fractale. A única companhia que ele tem são os Doppels de seus pais, ou clones holográficos avançados. Clain logo conhece Phryne—a primeira garota humana que ele já conheceu—e ele instantaneamente a acha fascinante. No entanto, Phryne está sendo perseguida pelo grupo anti-Fractale conhecido como O Milênio Perdido, e ela deixa um artefato estranho aos cuidados de Clain antes de desaparecer. Decidindo que precisa resgatar Phryne e devolver seus pertences, Clain sai para encontrá-la. Sua jornada o leva para o coração do sistema Fractale, onde descobrir a verdade por trás dele representa mais perigo para ele do que ele poderia imaginar.