A Guerra do Cálice Sagrado: uma batalha violenta entre magos na qual sete mestres e seus servos invocados lutam pelo Cálice Sagrado, um artefato mágico capaz de conceder qualquer desejo ao vencedor. Quase 10 anos atrás, a batalha final da Quarta Guerra do Cálice Sagrado causou destruição em Fuyuki City e tirou mais de 500 vidas, deixando a cidade devastada. Shirou Emiya, um sobrevivente dessa tragédia, aspira tornar-se um herói da justiça como seu salvador e pai adotivo, Kiritsugu Emiya. Apesar de ser apenas um estudante, Shirou é lançado na Quinta Guerra do Cálice Sagrado ao presenciar acidentalmente uma batalha entre servos na escola e invocar sua própria serva, Saber. Quando uma sombra misteriosa inicia uma onda de assassinatos em Fuyuki City, Shirou se alia a Rin Toosaka, uma participante da Guerra do Cálice Sagrado, para impedir mais mortes. No entanto, seus sentimentos por sua amiga de infância Sakura Matou o levam cada vez mais fundo nos segredos obscuros que envolvem a guerra e as famílias em conflito.