Após um misterioso incêndio matar sua família, Shirou é salvo e adotado por Kiritsugu Emiya, que lhe ensina os caminhos da magia e da justiça. Certa noite, anos após a morte de Kiritsugu, Shirou está limpando a escola quando se vê preso em meio a um confronto mortal entre dois super-humanos conhecidos como Servos. Ao tentar escapar, o garoto é ferido gravemente por um dos Servos. Milagrosamente, ele sobrevive, mas o mesmo Servo retorna para terminar o que começou. Em desespero, Shirou invoca seu próprio Servo: uma cavaleira chamada Saber. Agora, os dois devem participar da Quinta Guerra do Cálice Sagrado, um battle royale entre sete Servos e os magos que os invocaram, com o grande prêmio sendo nada menos que o onipotente Cálice Sagrado. ”Fate/stay night” acompanha Shirou enquanto ele luta para encontrar a linha tênue entre ser um herói e um assassino, com seus ideais colidindo com a dura realidade ao seu redor. O garoto se tornará um herói como seu pai adotivo, ou morrerá tentando?