Um inferno tecnológico disfarçado de paraíso, a Academia Tsukimihara é um colégio artificial que serve como palco para a próxima Guerra do Cálice Sagrado. Criada pelo supercomputador Moon Cell, a escola é habitada por almas projetadas da Terra que possuem ao menos uma pequena aptidão para se tornarem ”Mestres”. Dessas 256 almas, 128 serão escolhidas para o torneio principal e receberão um Servo. Com todos os Mestres selecionados, a Academia ativa um expurgo, visando eliminar as demais formas de vida. Despertando em uma poça de seu próprio sangue, Hakuno Kishinami se recusa a morrer. Movido por sentimentos desconhecidos de ódio, ele jura lutar pela sobrevivência. Enquanto tenta escapar de um perseguidor implacável, Hakuno encontra uma lâmina carmesim cravada no chão; ao empunhá-la, ele invoca sua própria Serva, Saber, que imediatamente destrói seu inimigo em uma tempestade de pétalas de rosa. Com seu novo poder, Hakuno deve agora iniciar sua jornada até o núcleo do Moon Cell, a Angelica Cage. Lá, ele desvendará o motivo por trás desse mundo artificial e os segredos de seu passado banhado em sangue.