Shinji Ikari fica emocionalmente em coma após a morte de um amigo querido. Com seu filho mentalmente incapaz de pilotar o robô humanoide Evangelion Unidade-01, a NERV de Gendou Ikari corre contra a organização secreta SEELE para ver quem consegue executar seu plano final primeiro. A SEELE deseja criar um ser divino fundindo suas próprias almas em uma unidade Evangelion, enquanto Gendou deseja reverter toda a humanidade a um ser primordial para poder se reunir com Yui, sua falecida esposa. A SEELE libera suas forças militares em uma invasão letal à sede da NERV. Enquanto as forças da SEELE abatem os cientistas e o pessoal de segurança da NERV, Asuka Langley Souryuu pilota o Evangelion Unidade-02 em uma última e desesperada resistência contra o armamento mais pesado da SEELE. A batalha continua, e um Shinji deprimido se esconde nas profundezas da sede da NERV. Com o destino do mundo nas mãos de Shinji, a Capitã Misato Katsuragi caça o adolescente enquanto a sociedade desmorona ao redor deles.