No ano de 2015, mais de uma década se passou desde o evento catastrófico conhecido como Segundo Impacto que atingiu a humanidade. Durante este período de recuperação, alguns poucos selecionados souberam da existência de seres conhecidos como os Anjos — entidades malévolas colossais com a intenção de desencadear o Terceiro Impacto e aniquilar o resto da humanidade. Chamado para a cidade de Tóquio-3 por seu pai, Gendou Ikari, o adolescente Shinji é lançado de cabeça na luta da humanidade. Separado de Gendou desde a morte de sua mãe, Shinji presume que seu pai deseja reparar seus laços familiares quebrados; em vez disso, ele descobre que foi trazido para pilotar uma máquina gigante capaz de lutar contra os Anjos, o Evangelion Unidade-01. Forçado a batalhar onda após onda contra a maior ameaça da humanidade, o jovem se vê preso no meio de um plano que poderia afetar o futuro da humanidade para sempre.