Catorze anos após o Terceiro Impacto, a Terra é um deserto pós-apocalíptico, a civilização humana está em ruínas e as pessoas que Shinji Ikari conhece estão quase irreconhecíveis. Preso dentro da Unidade-01 do Evangelion, ele é resgatado do espaço por Asuka Langley Shikinami e Mari Illustrious Makinami, apenas para se ver prisioneiro da WILLE, uma facção militar liderada por sua ex-guardiã Misato Katsuragi. Frios e amargos, seus antigos aliados o veem com suspeita e se recusam a apoiá-lo enquanto ele lida com as consequências de suas ações. Um Shinji ferido e confuso é resgatado da WILLE por Rei Ayanami e levado de volta à sede da NERV. Lá, ele conhece e rapidamente faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa, que lhe oferece calor e percepção sobre o estado da guerra da NERV com os Anjos. Mas o breve descanso de Shinji e Kaworu precede uma nova batalha, uma na qual Shinji descobre que seus inimigos não são mais Anjos, mas ex-companheiros. Nesta amarga confrontação para determinar o futuro do mundo, Shinji aprenderá em primeira mão que o passado realmente não pode ser desfeito.