Em um mundo pós-apocalíptico, o último assentamento humano remanescente no Japão é a fortemente fortificada cidade de Tóquio-3. Shinji Ikari, de quatorze anos, é levado à sede da NERV, uma organização subterrânea liderada por seu pai afastado, Gendou. Ele pede que Shinji se torne piloto de um "Evangelion", um androide colossal construído para lutar contra criaturas alienígenas monstruosas e destrutivas conhecidas como "Anjos" que causam estragos no planeta e ameaçam a sobrevivência da raça humana remanescente. Embora inicialmente relutante, Shinji é influenciado pela ideia de se reconciliar com seu pai e concorda em auxiliar na perigosa empreitada da humanidade contra sua ameaça alienígena, como piloto da Unidade-01 do Evangelion. Lançado no meio de um perigoso campo de batalha, Shinji deve encontrar a coragem e a resolução necessárias para enfrentar as incursões dos Anjos antes que seja tarde demais.