Senkuu tem como objetivo trazer de volta dois milhões de anos de conquistas humanas e reviver todos aqueles transformados em estátuas. No entanto, um homem está em seu caminho: Tsukasa Shishiou, que acredita que apenas os mais aptos dos petrificados devem ser revividos. À medida que a neve derrete e a primavera se aproxima, Senkuu e seus aliados na Vila Ishigami terminam os preparativos para seu ataque ao Império Tsukasa. Com um modelo reinventado de telefone celular agora à disposição deles, o Reino da Ciência está pronto para lançar seu mais novo esquema para recrutar os consideráveis números do exército de Tsukasa para o seu lado. No entanto, é uma corrida contra o tempo; pois a cada dia que o Reino da Ciência passa aperfeiçoando suas invenções, o império cresce rapidamente em número. Reunindo-se com velhos amigos e conquistando novos aliados, Senkuu e o Reino da Ciência devem deter as forças de Tsukasa para cumprir seu objetivo de restaurar a humanidade e todas as suas criações. Com os dois lados em busca de seu mundo ideal, as Guerras de Pedra agora começaram!