O Mundo Digital está em estado de guerra, com o malvado Exército Bagra tentando coletar fragmentos do Code Crown. Quem conseguir coletar todos os 108 fragmentos se tornará o rei do Mundo Digital. Um grupo maligno de Digimon, conhecido como o Exército Bagra, está determinado a colocar as mãos no Code Crown. Digimon Xros Wars apresenta Taiki Kudou, um estudante do ensino médio apaixonado por futebol que sempre se esforça para ajudar as pessoas necessitadas. Um dia, enquanto estava com seus amigos Akari Hinomoto e Zenjirou Tsurugi, ele ouve uma voz pedindo ajuda. Investigando a situação, ele encontra um Digimon chamado Shoutmon que foi gravemente ferido em um beco próximo. Usando o poder de um estranho dispositivo chamado Xros Loader, Taiki consegue salvar a vida de Shoutmon, mas é puxado para o Mundo Digital junto com Akari e Zenjirou. Determinado a não deixar que o maligno Bagra consiga o que quer, Taiki e seus amigos se juntam a Shoutmon e outros Digimon locais para formar seu próprio exército conhecido como Xros Heart. Agora, o Xros Heart deve lutar pelo Mundo Digital para coletar fragmentos do Code Crown e derrotar o Exército Bagra, mas Taiki e seus amigos não são os únicos humanos envolvidos nesta guerra de monstros…