Ao se encontrarem pela primeira vez, o invicto lutador de rua Masaru Daimon e o renegado Digimon Agumon tornam-se amigos da maneira mais natural possível para a dupla cabeça-dura: lutando com toda a paixão. A autoproclamada "equipe suprema" é recrutada por uma organização governamental secreta chamada Digital Accident Tactics Squad, ou DATS, que testemunhou o espetáculo inacreditável de um humano lutando golpe a golpe com um Digimon. O objetivo principal deles é investigar problemas misteriosos causados por Digimon que entram no mundo real, e o mundo está atualmente no meio de uma crise com Digimon aparecendo a uma taxa sem precedentes. Embarcando em várias missões com a DATS, Masaru e Agumon tornam-se colegas do gênio adolescente Touma Norstein e seu parceiro Digimon Gaomon, juntamente com a bondosa Yoshino "Yoshi" Fujieda e sua parceira Digimon Lalamon. Enquanto o grupo continua a investigar o rápido aumento de Digimon em seu mundo, uma verdade mais sombria começa a surgir.