Avistamentos de criaturas misteriosas conhecidas como "Hologram Ghosts" têm sido um tópico popular nas redes sociais nos últimos anos. De acordo com os rumores, várias pessoas foram vítimas desses espectros. Aqueles que tiveram a sorte de sobreviver aos seus encontros com os seres paranormais afirmam que eles se assemelhavam a hologramas com falhas. Hiro Amanokawa, estudante do ensino médio da Hazakura Academy, acredita que esses avistamentos são meramente uma lenda urbana. No entanto, à medida que os incidentes começam a aumentar em frequência, ele se lembra do dia em que seu pai desapareceu subitamente, com estranhos relógios digitais servindo como as únicas relíquias de seu desaparecimento. Assim como os outros avistamentos, o que aconteceu com o pai de Hiro não pode ser explicado pela lógica convencional. Um dia, quando um colega de estudos na academia é atacado por um Hologram Ghost, Hiro e seu amigo Kiyoshirou Higashimitarai decidem investigar o assunto. Mal sabe Hiro que esta investigação será o primeiro passo deles para descobrir um mundo perigoso anteriormente desconhecido pela humanidade.