Digimon infectados — monstros digitais que começaram a agir de forma descontrolada e a experimentar um bizarro aumento de poder — estão invadindo o mundo real. Enquanto Maki Himekawa e Daigo Nishijima, agentes da misteriosa Agência Administrativa Incorporada, tentam aprender mais sobre essas aparições disruptivas, a maioria das Crianças Escolhidas está ocupada se preparando para o festival de verão da Tsukishima General High School. Mimi Tachikawa, tendo retornado recentemente ao Japão após viver nos Estados Unidos por anos, luta para se adaptar entre seus colegas de classe e colegas Crianças Escolhidas. Enquanto isso, ao se dedicar aos estudos, Jou Kido tem evitado deliberadamente todas as questões relacionadas aos Digimon, fazendo seu parceiro Gomamon fugir. As ações individuais de Mimi e Jou causam atrito dentro do grupo, mesmo com a ameaça dos Digimon infectados ainda pairando sobre eles. Será que os dois resolverão seus conflitos pessoais a tempo de ajudar seus amigos a combater a mais recente ameaça?