O portal para o Mundo Digital está fechado há três anos. Taichi Yagami e seus amigos seguiram em frente, e agora que ele está no segundo ano do ensino médio, é hora de amadurecer. Enquanto todos os outros sabem o que querem fazer com suas vidas, Taichi permanece incerto. Enquanto isso, o grupo se distancia cada vez mais à medida que seguem seus próprios caminhos. Um dia, um Digimon insetoide renegado chamado Kuwagamon se materializa e causa distúrbios eletrônicos por toda a cidade. Taichi o persegue imprudentemente e acaba encurralado pelo Digimon atacante. De repente, o Digivice que ele ainda carrega — um dispositivo digital que serve a vários propósitos, incluindo ajudar o Digimon parceiro a evoluir — brilha, e Agumon aparece. Os dois conseguem derrotar Kuwagamon, mas por que o Digimon veio para este mundo em primeiro lugar? O que está acontecendo no Mundo Digital, e como exatamente isso envolve Meiko Mochizuki, a nova estudante transferida para a turma de Taichi?