Enquanto as Crianças Escolhidas e seus parceiros Digimon vivem felizes juntos no mundo humano, Taichi Yagami e Yamato Ishida, ao lado de seus amigos, dedicam-se a manter essa paz tão arduamente conquistada. Embora unidos por essa responsabilidade inata, cada um já começou a dar seus primeiros passos em direção a um futuro além de ser uma Criança Escolhida. No entanto, essa nova jornada é interrompida pelo aparecimento de Menoa Bellucci, uma professora americana especializada em pesquisa de Digimon. Ela traz notícias de que várias Crianças Escolhidas de todo o mundo foram encontradas em coma, com seus parceiros Digimon desaparecidos. As investigações de Menoa indicam que uma nova raça de Digimon está por trás do fenômeno alarmante: Eosmon, que se esconde nas profundezas da internet. Para ter sucesso nesta missão, a equipe deve se esforçar para superar a crescente distância entre eles e se unir uma última vez.