Shidou Itsuka enfrenta um perigo maior do que nunca devido ao seu envolvimento contínuo com Ratatoskr. Ele já selou 10 Espíritos, e Isaac Westcott, líder da Deus Ex Machina Industries, finalmente decidiu matar Shidou e saquear os poderes dos Espíritos para si mesmo. Para alcançar seu objetivo, Isaac declara uma guerra total contra Ratatoskr, forçando a organização a esgotar seus recursos para garantir a sobrevivência de Shidou. Apesar de estar severamente em desvantagem numérica e superado, um vislumbre de esperança existe na forma do Espírito do Tempo, Kurumi Tokisaki. Shidou deve selar e adquirir o poder de Kurumi para viajar ao passado e confrontar o Espírito da Origem - o catalisador que iniciou tudo isso.