A Hope's Peak Academy é uma escola secundária de elite que aceita apenas os alunos mais talentosos. Os indivíduos que se inscrevem com sucesso recebem seus próprios títulos exclusivos, que refletem adequadamente suas habilidades e características. Dos quinze candidatos admitidos na escola peculiar naquele ano, Makoto Naegi é um indivíduo completamente comum que foi aceito por puro acaso, com o título de "Sorte no Nível Super High School". Naegi e seus colegas de classe ficam inicialmente entusiasmados por serem escolhidos para estudar nesta instituição de prestígio, mas esses sentimentos de felicidade duram pouco. Eles logo são confrontados por Monokuma, o diretor e urso residente, que os prende dentro da escola. As esperanças de fuga e formatura dos alunos dependem de um deles matar com sucesso um de seus colegas sem ser descoberto. No entanto, se o assassino for capturado, ele será executado e os sobreviventes restantes serão deixados para continuar a luta mortal até que reste apenas um único vencedor.