O crime é atemporal. Por volta do ano 2071, a humanidade expandiu-se pela galáxia, preenchendo a superfície de outros planetas com assentamentos como os da Terra. Essas novas sociedades são assoladas por assassinatos, uso de drogas e roubos, e criminosos intergalácticos são caçados por um número crescente de caçadores de recompensas durões. Spike Spiegel e Jet Black perseguem criminosos por todo o espaço para ganhar a vida humildemente. Sob sua fachada boba e descontraída, Spike é assombrado pelo peso de seu passado violento. Enquanto isso, Jet lida com suas próprias memórias problemáticas enquanto cuida de Spike e da Bebop, sua nave. A dupla é acompanhada pela bela golpista Faye Valentine, pela estranha criança Edward Wong Hau Pepelu Tivrusky IV e por Ein, um corgi galês bioengenheirado. Enquanto desenvolvem laços e trabalham para capturar um elenco colorido de criminosos, as vidas da tripulação da Bebop são perturbadas por uma ameaça do passado de Spike. À medida que o plano maníaco de um rival continua a se desenrolar, Spike deve escolher entre a vida com sua nova família ou a vingança por suas velhas feridas.