Com a chegada do verão para os estudantes da UA Academy, cada um desses super-heróis em treinamento coloca o máximo de esforço para se tornar um herói renomado. Eles seguem para um campo de treinamento na floresta, organizado pelos heróis profissionais da UA, onde os estudantes se enfrentam em batalhas e passam por testes perigosos, melhorando suas habilidades e superando seus limites. No entanto, a viagem escolar deles é subitamente virada de cabeça para baixo quando a Liga dos Vilões chega, invadindo o campo com a missão de capturar um dos estudantes. Boku no Hero Academia 3rd Season segue Izuku "Deku" Midoriya, um estudante ambicioso treinando para alcançar seu sonho de se tornar um herói semelhante ao seu modelo—All Might. Sendo um dos estudantes pegos no meio do caos do ataque dos vilões, Deku deve se posicionar com seus colegas de classe e lutar pela sobrevivência deles.