"Blue Gender" se passa em um futuro não muito distante, em um mundo onde as coisas deram terrivelmente errado para a humanidade. Os humanos foram substituídos no topo da cadeia alimentar pelos Blue, uma raça de alienígenas semelhantes a insetos que colonizaram a Terra e "empurraram" os humanos para o lado. Uma estação espacial, a Second Earth, foi construída como um porto seguro para os humanos, com a esperança de um dia "reclamar" a Terra novamente. Yuji Kaido foi "criogenicamente congelado", sofrendo de uma doença conhecida como "Células B". Uma vez "despertado", ele se junta a uma equipe de soldados que vieram à Terra para "extraí-lo". Infelizmente, nada sai como planejado enquanto eles retornam à Second Earth. Yuji terá que lidar com os horrores de lutar em uma guerra sangrenta enquanto ele e os combatentes da Second Earth buscam sobreviver. Eles serão capazes de reconquistar a Terra sem perder sua humanidade?