A descoberta de um hiperportal na Lua permitiu, outrora, que a raça humana se teletransportasse para Marte. Aqueles que escolheram se estabelecer lá desenterraram uma tecnologia muito mais avançada do que a de seu planeta natal, que eles nomearam "Aldnoah". Essa descoberta levou à fundação do Império Vers de Marte e a uma declaração de guerra contra os "Terranos", aqueles que permaneceram na Terra. No entanto, uma batalha na lua — mais tarde chamada de "Queda do Céu" — fez com que o hiperportal explodisse, destruindo a lua e levando os dois planetas a estabelecer um "cessar-fogo tenso". No entanto, a paz deles era frágil. Quinze anos depois, o estudante do ensino médio Inaho Kaizuka testemunha o assassinato planejado da Princesa Asseylum Vers Allusia do Império Vers, que havia vindo à Terra na esperança de "reparar o relacionamento" entre o império e sua terra natal. O cessar-fogo é "desfeito", e os marcianos declaram guerra aos terranos mais uma vez. Diante desse inimigo "intransponível", Inaho e seus amigos agora devem lutar contra o Império Vers para resolver a guerra de uma vez por todas.