O Japão é secretamente controlado por um grupo tirânico de ninjas chamado Shinogara. O melhor assassino deles é um homem chamado Hayate Kanuma, cujo pai lidera a Shinogara. Hayate, no entanto, sabe que o controle da sociedade secreta sobre o Japão está errado. Sacrificando sua própria segurança, Hayate mata seu pai. Agora ele está fugindo, seguro em quase nenhum lugar de seus ex-companheiros vingativos, exceto talvez pelo único esconderijo que ele decide: sua irmã. Após possivelmente ser ferido fatalmente, Hayate consegue transferir sua alma para o corpo de sua irmã, compartilhando-o temporariamente com ela. Sua irmã, Shiori, pode despertar Hayate e invocar suas habilidades ninja quando a Shinogara estiver por perto, mas cada vez que ela o faz, um pouco mais de seu verdadeiro eu é perdido. Este arranjo não pode continuar para sempre, então como Hayate finalmente derrotará a Shinogara?