A Academia Militar do Império de Barsburg é conhecida por treinar elites que trazem vitória ao império. Os estudantes da academia utilizam livremente uma habilidade chamada "Zaiphon" para lutar, enquanto os tipos de Zaiphon utilizáveis dependem da natureza do soldado. Teito Klein, um estudante da academia, é um dos soldados mais promissores produzidos. Embora ridicularizado por todos por ser um sklave (alemão para escravo) sem memórias de seu passado, ele faz amizade com um colega chamado Mikage. Enquanto se prepara para o exame final, Teito descobre um segredo sombrio relacionado ao seu passado. Quando uma tentativa de assassinar Ayanami, um oficial de alto escalão que matou seu pai, falha, Teito é trancado aguardando punição. Querendo apenas o melhor para Teito, Mikage o ajuda a escapar. Teito acaba na 7ª Igreja Distrital, onde é acolhido pelos bispos. É aqui que Teito tenta escapar das garras de Ayanami e dos Militares, para que possa redescobrir suas memórias e aprender por que ele é a pessoa que pode mudar o destino do mundo.