No ano Era Cósmica 0071, a colônia espacial Heliópolis permanece neutra na grande guerra que assola a galáxia entre os Coordinators, seres humanos cujas características biológicas foram alteradas antes do nascimento, e os Naturals, pessoas não alteradas que permanecem no planeta Terra. O profundo ódio dos Naturals pelos Coordinators impulsionou os seres avançados para o espaço, buscando refúgio em colônias feitas pelo homem. Kira Yamato é um Coordinator e estudante universitário em Heliópolis, quando sua vida é jogada no caos enquanto a ZAFT, a organização militar composta por Coordinators rebeldes, ataca a colônia em um esforço para roubar um conjunto de cinco mobile suits militares de última geração conhecidos como Gundams. Enquanto a ZAFT consegue levar quatro dos mobile suits, Kira assume o controle do último Gundam, o Strike. Sobrevivendo à batalha, Kira e seus amigos da faculdade se juntam à tripulação da Archangel, uma nave administrada pela Aliança Terrestre, e os jovens soldados experimentam os horrores da guerra e as perdas que vêm com ela.