Após um ano na América, Kurisu Makise retorna a Akihabara e se reencontra com Rintarou Okabe. No entanto, o reencontro deles é interrompido quando Okabe começa a ter flashes recorrentes de outras linhas do tempo, à medida que as consequências de sua viagem no tempo começam a se manifestar. Esses efeitos colaterais eventualmente culminam no desaparecimento repentino de Okabe do mundo, e apenas a assustada Kurisu tem alguma memória de sua existência. Em meio ao desespero, Kurisu se depara com uma escolha verdadeiramente árdua que testará tanto seu dever como cientista quanto sua lealdade como amiga: seguir o conselho de Okabe e se manter longe de viajar no tempo para evitar as possíveis consequências que isso pode ter nas linhas de mundo, ou ignorá-lo para resgatar a pessoa que ela mais ama. Independentemente de sua decisão, o caminho que ela escolher afetará o passado, o presente e o futuro.