Era uma vez, uma raça conhecida como Anjos Sombrios atacou a Terra para "colher" a força vital de todos que habitavam o planeta. Graças a um "milagre ultrajante", os Anjos Sombrios ficaram dormentes, e a humanidade conseguiu viver mais 12.000 anos sem temer sua presença. Mas 11 anos depois que uma catástrofe apelidada de "Holy Genesis" trouxe a ruína à Terra, os Anjos Sombrios foram "despertados de seu sono" e retomaram os ataques mais uma vez. Para dar à humanidade alguma chance, uma organização conhecida como DEAVA foi formada, e o uso de uma arma robótica chamada Aquarion foi autorizado. Para que o Aquarion atinja seu poder total, três pilotos devem combinar seus corações, corpos e almas em um só — um feito que poucos podem esperar realizar. Assim, a busca pelos chamados "Usuários Elementais" foi priorizada, esperando garantir o futuro da humanidade. "Sousei no Aquarion" segue a história de Apollo, um jovem quase "feral" criado na pobreza, que se acredita ser um herói lendário reencarnado. Depois que seu melhor amigo é "levado" pelos Anjos Sombrios, Apollo escolhe se tornar um piloto de Aquarion. Ele será capaz de "mudar os rumos" da guerra e libertar a humanidade da ameaça dos Anjos Sombrios de uma vez por todas?