O estudante do ensino médio e gamer Suigin Riku frequenta a prestigiada Academia Privada Shinryou, uma escola para a elite e os filhos dos ricos. Mas rico ou abastado não são palavras que descrevem Suigin; na verdade, ele é muito pobre e precisa trabalhar em muitos empregos de meio período para pagar sua mensalidade. Durante um desses trabalhos, ele mergulha em uma piscina para salvar seu gato de estimação, plenamente ciente de que não sabe nadar. Felizmente, ele é salvo por Rei Riku, a bela e popular filha de um desenvolvedor de jogos, e se apaixona por ela. Ele também é atraído por outra garota: uma nova amiga que ele conhece em Dungeon Century, seu RPG online favorito. Mas quando o jogo é programado para ser encerrado, ele sabe que suas aventuras com ela em breve terminarão. No entanto, no dia seguinte ao encerramento do jogo, ele descobre que Rei e a garota online são a mesma pessoa. Logo depois, Rei dá a Suigin um novo jogo destinado a substituir Dungeon Century—um jogo de invasão de túmulos chamado Grave Buster. Mas quando Rei é subitamente sequestrada, Suigin é puxado para dentro de Grave Buster para salvá-la. "Gin no Guardian" segue Suigin enquanto ele joga Grave Buster para salvar Rei, enquanto desvenda os segredos escondidos dentro do jogo.