Kanji Sasahara é um calouro universitário introvertido que busca um lugar para se encaixar. Um dia, ele tropeça no clube conhecido como Sociedade para o Estudo da Cultura Visual Moderna — ou Genshiken — que se dedica a reunir todo o espectro da cultura otaku. Sua primeira visita ao clube, no entanto, não termina bem, pois o orgulho de Sasahara é esmagado por seu veterano, Harunobu Madarame, e ele deixa a reunião em completa negação de sua natureza otaku. No entanto, após fazer amizade com o membro do clube Makoto Kousaka, que se revela um otaku hardcore apesar de sua aparência, Sasahara se envolve mais com as atividades do clube, que incluem obsessão por seus animes favoritos, leitura de doujinshi e participação em convenções. Lá, ele conhece outras pessoas interessantes, como a namorada de Kousaka, Saki Kasukabe, que é veementemente não-otaku e se esforça para transformar seu namorado em um "cara normal". Enquanto Saki luta para entender a cultura otaku e o amor de seu namorado por ela, Sasahara se vê desfrutando de seu tempo no Genshiken, gradualmente abandonando qualquer negação que já teve sobre ser um otaku e imergindo-se em um estilo de vida otaku.