Seis meses atrás, Lorde Hugh Anthony Disward, também conhecido como Huey, perdeu seu excêntrico avô, Sir Wesley Disward, que era um renomado colecionador de livros raros. O testamento de seu avô afirma que, para herdar sua mansão e tudo o que há nela, ele deve assumir a tutela da Bibliotheca Mystica de Dantalian—um arquivo que contém conhecimento proibido—e também cuidar de uma misteriosa garota chamada Dalian. Enquanto Huey se instala na mansão, um antigo rival de seu avô marca um encontro com ele. Dalian, sabendo que o rival é o assassino de Wesley, o acompanha e descobre que o assassino está em posse de um Livro Fantasma—um tomo amaldiçoado que Wesley tentou selar. Quando o livro os coloca em perigo, Huey descobre que a Bibliotheca Mystica de Dantalian e Dalian são uma e a mesma coisa, e ela confia a Huey a chave para desbloquear o conhecimento armazenado dentro dela. Juntos, Dalian e Huey selam o livro, e assim começa uma parceria improvável enquanto eles resolvem mistérios causados por outros Livros Fantasma.