Frustrados novamente por Naraku, Inuyasha, Kagome Higurashi e seus amigos devem continuar sua caçada pelos poucos fragmentos restantes da Joia Shikon, para que não se transformem completamente em uma joia corrompida nas mãos de Naraku. Mas Naraku tem seus próprios planos para adquiri-los, e destruirá qualquer um e qualquer coisa que esteja em seu caminho — até mesmo seus próprios subordinados. O perigo persistente e inflexível representado por Naraku força Sango e Miroku a decidir o que é mais importante para eles — um ao outro ou seu dever na batalha. Enquanto isso, Inuyasha deve decidir se seu coração pertence a Kikyou ou a Kagome, antes que o destino decida por ele. Em meio à corrida para encontrar os fragmentos, Inuyasha e seu irmão Sesshoumaru também devem resolver sua disputa e cooperar para o confronto final com Naraku, pois é uma batalha que eles devem vencer para pôr fim à sua maldade e crueldade de uma vez por todas.