A Quinta Guerra do Cálice Sagrado continua, e o caos resultante eleva ainda mais as apostas para todos os participantes. Shirou Emiya segue firme na guerra, aspirando a ser um herói da justiça que salva a todos. Determinado a derrotar uma misteriosa sombra sombria e assassina, ele parte em busca da verdade por trás desses eventos. Enquanto isso, Shinji Matou dá início aos seus próprios planos, ameaçando Shirou por meio de sua irmã Sakura Matou. Shirou e Rin Toosaka enfrentam Shinji, na esperança de libertar Sakura dos abusos cometidos por seu irmão. No entanto, a terrível verdade sobre os irmãos Matou começa a vir à tona, revelando segredos obscuros. Fate/stay night Movie: Heaven's Feel - II. Lost Butterfly continua a focar nos Mestres e Servos remanescentes, que se enfrentam em busca do Cálice Sagrado. Contudo, à medida que a escuridão se espalha por Fuyuki City, até mesmo o próprio estado da guerra sagrada pode estar em perigo.